Theo quy định của Thông tư, doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt khi sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt để chạy tàu phải nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt với mức là 8% trên doanh thu kinh doanh vận tải đường sắt.
Thông tư cũng nêu rõ, không thu phí đối với việc sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt phục vụ cho các mục đích như kiểm tra, sửa chữa, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt; phòng chống lụt bão và cứu hộ, cứu nạn đường sắt và phục vụ nhu cầu quốc phòng và an ninh quốc gia.