Cụ thể, Thanh tra Bộ Y tế kết luận, tình trạng nhiều cơ sở sử dụng thuốc lập kế hoạch mua sắm chưa sát với nhu cầu sử dụng diễn ra phổ biến. Chẳng hạn như tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Tây Ninh, nhiều mặt hàng đã trúng thầu, nhưng khi có kết quả lựa chọn nhà thầu và hợp đồng cung cấp thuốc, Bệnh viện không thực hiện mua thuốc trong thời gian có hiệu lực của gói thầu. Đáng chú ý, một số dự trù thuốc được duyệt có số lượng lớn hơn 150% so với số lượng sử dụng của kỳ trước, trong khi thực tế số lượng mua trong năm đó không hết số dự trù và không lớn hơn 150% so với số lượng sử dụng.
Theo Thanh tra Bộ Y tế, chính vì lập kế hoạch không sát thực tế, nên thời điểm cuối năm 2014, một số đơn vị đã phải tiến hành mua sắm trực tiếp để bổ sung nhu cầu thuốc.
Sai sót trong đấu thầu thuốc của các địa phương còn được Thanh tra của Bộ Y tế chỉ ra trong khâu lập HSMT/HSYC. Điển hình như, tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Tây Ninh, trong quá trình thực hiện chào hàng cạnh tranh một số gói thầu, chủ đầu tư chưa thực hiện đầy đủ các thủ tục về yêu cầu báo giá. Còn tại Sở Y tế Tây Ninh, quá trình tổ chức lựa chọn nhà thầu một số gói thầu trong năm 2015, HSMT yêu cầu số tiền bảo lãnh dự thầu chưa phù hợp với quy định.
Đối với Sở Y tế tỉnh Điện Biên, tại một số gói thầu, mặc dù HSMT đã yêu cầu sản phẩm dự thầu phải được lưu hành hợp pháp tại Việt Nam, tuy nhiên trong hồ sơ lại không yêu cầu cụ thể những tài liệu cần thiết (phiếu kiểm nghiệm, phiếu báo lô, giấy ủy quyền bán hàng...) để kiểm soát chất lượng thuốc và đảm bảo nhà thầu có thể thực hiện được hợp đồng khi trúng thầu. Một số mặt hàng thuốc gây nghiện và thuốc hướng tâm thần cũng không được cung cấp đúng tên thuốc như trong dự trù đã được Sở Y tế tỉnh này phê duyệt (thuốc có cùng hoạt chất, nồng độ, hàm lượng).
Đáng chú ý, nhiều chủ đầu tư đưa ra yêu cầu trong HSMT/HSYC một đằng, nhưng khi đánh giá hồ sơ dự thầu, năng lực của nhà thầu, lại thực hiện một nẻo. Cụ thể, qua thanh tra, Bộ Y tế phát hiện, nhiều nhà thầu không đủ điều kiện kinh doanh sinh phẩm y tế, giấy phép thực hành bảo quản thuốc tốt GSP cũng đã hết hạn, bảo lãnh dự thầu không hợp lệ (người ký bảo lãnh không phải là người đại diện hợp pháp của các ngân hàng ký, không có giấy ủy quyền...), thiếu báo cáo tài chính, nhưng vẫn được lựa chọn trúng thầu.
Điển hình, tại một số gói thầu do Sở Y tế tỉnh Tây Ninh mời thầu trong 2 năm 2014 - 2015, Thanh tra Bộ Y tế phát hiện một loạt nhà thầu không đủ tư cách hợp lệ vẫn trúng thầu như: Công ty TNHH Dược phẩm Việt Đức, Công ty CP Dược phẩm Nam Hà, Công ty CP Dược Danapha, Công ty CP Dược liệu Pharmedic, Công ty CP Dược phẩm Phúc Thiện, Công ty TNHH TM Dược phẩm Đông Á, Công ty TNHH MTV Vimeditex Bình Dương, Công ty CP Dược phẩm Tenamyd, Công ty CP Dược Trung ương Medipharco...
Tương tự, tại một số gói thầu thuốc do Sở Y tế tỉnh Bình Dương mời thầu trong năm 2014 - 2016 cũng có nhiều nhà thầu dù không đủ tư cách hợp lệ nhưng vẫn trúng thầu. Trong danh sách này có không ít nhà thầu tên tuổi như: Công ty CP Dược Pha Nam, Công ty CP Dược phẩm Eco, Công ty TNHH Thương mại Dược phẩm quốc tế Hưng Thịnh, Công ty CP Dược phẩm Agimexpharm, Công ty TNHH Dược phẩm Công Thành, Công ty CP Dược phẩm Việt Lâm, Công ty TNHH Dược phẩm Bình Thuận, Công ty TNHH Đông Nam Dược Bảo Long...