Cụ thể, Luật Quy hoạch đô thị số 30/2009/QH12 và Nghị định số 37/2010/NĐ-CP ngày 7/4/2010 về lập, thẩm định, phê duyệt và quản lý quy hoạch đô thị quy định, việc lựa chọn tổ chức tư vấn lập quy hoạch được thực hiện thông qua hình thức chỉ định hoặc thi tuyển. Quy định này dễ dẫn đến việc các đơn vị thực hiện hiểu rằng gói thầu lựa chọn tư vấn lập quy hoạch thì đương nhiên áp dụng chỉ định thầu. Tuy nhiên, điều này chưa phù hợp với quy định của pháp luật về đấu thầu, vì theo quy định của pháp luật về đấu thầu, chỉ định thầu chỉ được áp dụng trong một số trường hợp (Luật Đấu thầu số 43/2013/QH13 Điều 22 Khoản 1) hoặc thuộc hạn mức chỉ định thầu theo quy định của Chính phủ trong từng thời kỳ (hiện tại là Điều 54 Nghị định số 63/2014/NĐ-CP).
Ngoài ra, Quyết định số 73/2010/QĐ-TTg ngày 16/11/2010 (Điều 12 Khoản 1) về ban hành quy chế quản lý đầu tư xây dựng công trình lâm sinh có quy định về một số công trình, hạng mục công trình lâm sinh được áp dụng hình thức chỉ định thầu hoặc tự thực hiện không phù hợp với các trường hợp được chỉ định thầu quy định tại Khoản 1 Điều 22 của Luật Đấu thầu và Điều 54 Nghị định số 63/2014/NĐ-CP.
Bộ KH&ĐT cho rằng, theo quy định tại Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 80/2015/QH13 (Điều 156 Khoản 2 và Khoản 3), trong trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật có quy định khác nhau về cùng một vấn đề thì áp dụng văn bản có hiệu lực pháp lý cao hơn và các văn bản quy phạm pháp luật do cùng một cơ quan ban hành có quy định khác nhau về cùng một vấn đề thì áp dụng quy định của văn bản quy phạm pháp luật ban hành sau. Theo đó, các bộ, ngành, địa phương khi hướng dẫn thực hiện pháp luật về đấu thầu phải cần căn cứ Luật Đấu thầu số 43/2013/QH13 để đảm bảo sự thống nhất, tránh chồng chéo trong quá trình thực hiện.