Theo kết luận Thanh tra của Bộ Giao thông Vận tải, quá trình chuẩn bị đầu tư dự án cải tạo, nâng cấp luồng sông Sài Gòn từ cầu đường sắt Bình Lợi (TP HCM) tới cảng Bến Súc (Bình Dương) theo hợp đồng BOT có nhiều sai sót như: lập dự án trước khi có chủ trương của Chính phủ, duyệt dự án trước khi có báo cáo đánh giá tác động môi trường, phải bổ sung thay đổi nhiều hạng mục công việc ảnh hưởng đến tiến độ và giá thành dự án, quá trình thực hiện phải thay đổi thiết kế cơ sở...
Nhiều yếu tố kỹ thuật được lựa chọn được cho là chưa đáp ứng tiêu chuẩn đường sắt khổ 1.435 mm. Các thông số kỹ thuật như hồ sơ thiết kế chỉ đáp ứng được nhu cầu khai thác hiện nay; không đáp ứng được yêu cầu đoàn tàu thiết kế và tương lai tuyến đường sắt Trảng Bom - Hòa Hưng, đoàn tàu không khởi động được khi lên dốc.
Việc khảo sát, thiết kế cơ sở luồng tuyến sông Sài Gòn được xác định sơ sài, thiếu nhiều số liệu khảo sát dẫn tới hồ sơ thiết kế không sát với thực tế, không khả thi trong quá trình thực hiện, phải điều chỉnh thay đổi giải pháp thiết kế, bổ sung các khối lượng khảo sát địa chất, địa hình, thay đổi giá trị gói thầu.
Về lựa chọn nhà đầu tư, dự án cầu đường sắt Bình Lợi là công trình cấp I, nhưng hồ sơ chỉ yêu cầu năng lực nhà đầu tư thi công công trình giao thông cấp II.
Hợp đồng BOT dự án chưa căn cứ đủ cơ sở pháp lý như Luật Đường sắt, các Nghị định, Thông tư hướng dẫn thi hành Luật Đường sắt; không xây dựng phương án thu phí, tính phí quản lý thu phí hàng năm chiếm 4,8% giá trị thu phí là chưa phù hợp.
Việc lựa chọn nhà thầu còn có một số tồn tại, không đảm bảo tiêu chí, năng lực theo hồ sơ yêu cầu. Dự án bị chậm tiến độ tới 17 tháng so với hợp đồng BOT, nhưng doanh nghiệp dự án, tư vấn quản lý, tư vấn giám sát và các nhà thầu thi công chưa phân tích, đánh giá các nguyên nhân để có giải pháp đẩy nhanh tiến độ thi công, giá trị xây lắp cũng như các chi phí quản lý dự án, chi phí tư vấn...
Bộ Giao thông Vận tải khẳng định, Cục đường thủy nội địa Việt Nam, Chi cục Đường thủy nội địa phía Nam chịu trách nhiệm trong lập, phê duyệt phương án điều tiết chống va trôi, đảm bảo giao thông.
Hai đơn vị này cũng chịu trách nhiệm về những tồn tại trong lập, thẩm định, phê duyệt bản vẽ thi công, dự toán. Công ty TNHH Đầu tư BOT Bình Lợi chịu trách nhiệm về việc lựa chọn các đơn vị tư vấn, nhà thầu thi công.
Ban Quản lý dự án 7 chịu trách nhiệm về quản lý chất lượng, hiện trường, hồ sơ công trình. Trong khi đó, nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án chịu trách nhiệm trong việc góp vốn chủ sở hữu chậm, sử dụng vốn chủ sở hữu không đúng mục đích.
Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu các đơn vị liên quan nhanh chóng kiểm điểm, xem xét trách nhiệm các tổ chức, cá nhân liên quan đối với các sai sót, tồn tại đã được kết luận thanh tra nêu ra.
Được khởi công hồi tháng 4/2015 với tổng mức đầu tư hơn 1.300 tỷ đồng, dự án đường thủy đầu tiên của cả nước thực hiện theo hợp đồng BOT (xây dựng - kinh doanh - chuyển giao). Bộ Giao thông đã đồng ý cho Công ty TNHH Đầu tư BOT Bình Lợi (chủ đầu tư dự án) thu phí để hoàn vốn.
Việc nâng cấp luồng Sài Gòn và xây cầu Bình Lợi giúp cho tàu có trọng tải lớn ra vận chuyển hàng hóa ra vào các cảng trong vùng Đông Nam Bộ được thuận lợi. Khi dự án cải tạo luồng sông Sài Gòn hoàn thành và thu phí, dự kiến cuối năm nay, đây là trạm thu phí đường thủy đầu tiên của cả nước.
Theo chủ đầu tư, việc thu phí chỉ áp dụng với những phương tiện có tải trọng 300 tấn trở lên, nên không ảnh hưởng đến người dân sử dụng phương tiện nhỏ vận chuyển hàng hóa trên sông Sài Gòn mỗi khi qua cầu Bình Lợi.
Giá khoảng 70 đồng/tấn/km trong 20 năm 9 tháng, dự kiến thu được 1.100 tỷ đồng. Mức giá này được cho là rẻ hơn nhiều so với đường bộ (bình quân khoảng 240 đồng/tấn/km).
