Trước đó, tháng 12/2019, cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an đã hoàn tất kết luận điều tra bổ sung, chuyển hồ sơ qua Viện KSND tối cao đề nghị truy tố bị can Nguyễn Thành Tài (cựu Phó Chủ tịch UBND TPHCM giai đoạn 2008-2011) và 4 đồng phạm: Đào Anh Kiệt (cựu giám đốc Sở Tài nguyên & Môi trường TPHCM), Nguyễn Hoài Nam (nguyên Bí thư Quận ủy quận 2, TPHCM), Trương Văn Út (nguyên Phó phòng Quản lý đất, Sở Tài nguyên & môi trường) và Lê Thị Thanh Thúy (nguyên Chủ tịch HĐQT Công ty Hoa Tháng Năm và Công ty Lavenue) cùng về tội vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí.
Ông Nguyễn Thành Tài tiếp tục bị đề nghị truy tố.
Một tháng sau, cơ quan cảnh sát điều tra ban hành kết luận điều tra bổ sung, giữ nguyên một phần kết luận điều tra cũ và cho rằng không có dấu hiệu bỏ lọt tội phạm.
Sau thời gian tiếp nhận kết luận điều tra bổ sung, ngày 27/5, Viện KSND tối tiếp tục trả hồ sơ yêu cầu cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an điều tra làm rõ số tiền thiệt hại và lý lịch tư pháp của các bị can trong vụ án.
Gần 3 tuần điều tra bổ sung, cơ quan cảnh sát điều tra đã ban hành kết luận điều tra bổ sung lần 2 và đề nghị truy tố. Tại bản kết luận điều tra bổ sung mới, Bộ Công An thấy đủ căn cứ kết luận về xác định hậu quả, thiệt hại, thất thoát và lãng phí do hành vi phạm tội của các bị can gây ra cho ngân sách Nhà nước trong công tác quản lý, khai thác và sử dụng cơ sở nhà, đất tại 8-12 Lê Duẩn xảy ra trong một thời gian dài.
Từ thời điểm ban hành quyết định giao đất, cho thuê đất ngày 14/6/2011 đến khi tội phạm bị phát hiện, ngăn chặn thời điểm khởi tố vụ án 7/12/2018.
Cụ thể khu đất đã được giao, cho thuê trái pháp luật có tổng diện tích là 4.896m2 với giá trị quyền sử dụng đất là hơn 2.554 tỷ đồng, giá trị công trình trên đất tại số 8 Lê Duẩn là hơn 15,9 tỷ đồng và tại số 12 là hơn 5 tỷ đồng.
Quá trình điều tra đến nay, số tiền công ty Lavenue đã nộp vào ngân sách nhà nước là gần 647,6 tỷ đồng.
Về lý lịch tư pháp của các bị can, ông Kiệt và Út trong vụ án này còn liên quan một vụ án vi phạm về quy định quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí xảy ra tại số 15 Thi Sách. Toà đã tuyên phạt ông Kiệt 6 năm 6 tháng tù và Út 5 năm tù.
Theo nội dung vụ án, quá trình mở rộng điều tra vụ án vi phạm các quy định về quản lý đất đai liên quan đến dự án tại khu đất số 2-4-6 Hai Bà Trưng (phường Bến Nghé, quận 1, TPHCM) do bị can Nguyễn Hữu Tín (nguyên Phó Chủ tịch UBND TPHCM giai đoạn 2011-2016) và đồng phạm thực hiện, cơ quan điều tra đã phát hiện hành vi tội phạm đối với bị can Nguyễn Thành Tài và đồng phạm trong việc giao đất, cho thuê đất tại số 8-12 Lê Duẩn (phường Bến Nghé, quận 1).
Theo đó, kết quả điều tra xác định khu đất 8-12 Lê Duẩn có tổng diện tích hơn 4.800 m2 là tài sản thuộc sở hữu nhà nước, giao cho công ty TNHH MTV quản lý kinh doanh nhà TPHCM quản lý và cho thuê.
Vì tình cảm mà ông Tài bị đề nghị truy tố.
Cụ thể, Nguyễn Thành Tài chấp thuận đề xuất của công ty TNHH MTV quản lý kinh doanh nhà TPHCM cho thành lập pháp nhân mới để đầu tư dự án, không thẩm định kinh nghiệm, năng lực tài chính, và bản chất là chuyển dịch tài sản từ nhà nước sang doanh nghiệp tư nhân; ký quyết định giao đất và cho thuê đất chỉ định tại 8-12 Lê Duẩn cho công ty Lavenue không đúng đối tượng, trái với quy định; chấp thuận cho công ty Lavenue thanh lý nhà số 12 Lê Duẩn mà không giao cơ quan chức năng thẩm định giá trị còn lại.
Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an xác định hành vi vi phạm trên của Nguyễn Thành Tài có tính hệ thống, xảy ra trong một thời gian dài, dẫn đến thiệt hại đặc biệt lớn cho nhà nước. Bị can Nguyễn Thành Tài giữ vai trò là người tổ chức, thực hiện tích cực; các bị can Kiệt, Nam, Út là đồng phạm với vai trò người thực hành và bị can Thúy là đồng phạm với vai trò giúp sức.
Riêng bị can Nguyễn Thị Thu Thủy (nguyên Giám đốc công ty TNHH MTV quản lý kinh doanh nhà TPHCM) đang bỏ trốn nên cơ quan cảnh sát điều tra đã ra quyết định truy nã, sẽ xử lý sau khi bắt được bị can.