Quyết định 387/QĐ-TTg có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký (10/4/2018). Đối với các hợp đồng tín dụng do các ngân hàng đã ký với khách hàng thuộc đối tượng ưu đãi tại Quyết định 2621 trước ngày 10/4/2018 thì tiếp tục được thực hiện đến khi kết thúc hợp đồng theo cơ chế ưu đãi tại Quyết định 2621.
Ngân sách nhà nước bố trí cấp bù cho các ngân hàng để tiếp tục thực hiện các hợp đồng đã ký kết cho đến khi hợp đồng được tất toán. Quy trình thực hiện cấp bù tiếp tục được áp dụng theo Thông tư 199/2009/TT-BTC ngày 13/10/2009 của Bộ Tài chính.