Qua thanh tra phát hiện vi phạm về kinh tế hơn 67.700 tỷ đồng, gần 17.600 ha đất, kiến nghị thu hồi trên 43.300 tỷ đồng, trên 4.900 ha đất. Ban hành 148.000 quyết định xử phạt vi phạm hành chính với số tiền 2.924 tỷ đồng; kiến nghị xử lý hành chính gần 2.100 tập thể và cá nhân; chuyển cơ quan điều tra xử lý 114 vụ việc, 192 đối tượng. Chấn chỉnh quản lý, hoàn thiện cơ chế, chính sách pháp luật trên nhiều lĩnh vực.
Cơ quan thanh tra cũng đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện gần 3.600 kết luận và quyết định xử lý sau thanh tra, thu hồi và xử lý khác 856 tỷ đồng (đạt 63%), 4.126 ha đất, xử lý 971 tập thể, trên 4.200 cá nhân, chuyển cơ quan chức năng khởi tố 16 vụ, 29 đối tượng.
Tuy nhiên, công tác thanh tra còn có những hạn chế nhất định như một số cuộc thanh tra triển khai chậm hoặc kéo dài, trong đó có những cuộc thanh tra đột xuất, dư luận xã hội quan tâm; chất lượng kết luận thanh tra chưa cao, biện pháp xử lý chưa rõ, tỷ lệ thu hồi, xử lý khác về tiền, tài sản chưa đạt yêu cầu đề ra. Việc theo dõi, đôn đốc kết quả thực hiện kiến nghị về hoàn thiện cơ chế, chính sách chưa kịp thời, thường xuyên.