Hoạt động kiểm toán tập trung vào hai nội dung chính. Thứ nhất là công tác tổng hợp và tham mưu cho Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về vốn ODA. Thứ hai là công tác xây dựng kế hoạch vốn ODA; tổng hợp thanh toán, quyết toán vốn ODA hàng năm; thông báo kế hoạch vốn cho các dự án, chương trình; đánh giá việc lập, thẩm định, phê duyệt, điều chỉnh dự án đầu tư; việc xử lý đối với các dự án, chương trình cần ngừng, hoãn, giãn tiến độ; lựa chọn nhà thầu đối với các chương trình, dự án sử dụng vốn ODA giai đoạn 2015 - 2017.
Cơ quan kiểm toán cũng sẽ kiểm toán chi tiết 5 dự án gồm: Dự án Tăng cường an toàn giao thông trên các quốc lộ ở phía Bắc Việt Nam, vốn vay JBIC; Dự án Đầu tư điều chỉnh nút giao giữa cầu Thanh Trì với Quốc lộ 5 TP. Hà Nội; Dự án thành phần 3 (Trường Cao đẳng nghề Cơ khí nông nghiệp) và Dự án thành phần 4 (Trường Cao đẳng nghề Cơ điện xây dựng Việt Xô) thuộc Dự án Đầu tư phát triển các trường dạy nghề chất lượng cao sử dụng vốn ODA của Chính phủ Pháp; Dự án Đầu tư xây dựng cầu Thịnh Long thuộc tuyến đường bộ ven biển tỉnh Nam Định.
