Tổ công tác liên ngành có trách nhiệm đôn đốc các sở, ngành, UBND các quận, huyện, nhà đầu tư và các đơn vị liên quan thực hiện nghiêm túc Kết luận của Thanh tra Chính phủ, chỉ đạo của tập thể lãnh đạo UBND TP. Hà Nội về việc chấp hành quy định của pháp luật trong việc thực hiện một số dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng BT, BOT trong lĩnh vực giao thông, môi trường trên địa bàn Thành phố.
Tổ công tác liên ngành cũng có trách nhiệm tổng hợp, tham mưu cho UBND TP. Hà Nội chỉ đạo xử lý các khó khăn, vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện và tổng hợp kết quả thực hiện, tham mưu cho UBND Thành phố báo cáo Thủ tướng Chính phủ và Thanh tra Chính phủ.