Qua thanh tra, đã yêu cầu đối tượng thanh tra xuất toán, thu hồi và giảm trừ khi thanh, quyết toán với tổng số tiền hơn 12,5 tỷ đồng. Riêng Thanh tra Bộ KH&ĐT, trong năm 2016 đã triển khai 15 cuộc thanh tra, kiểm tra, trong đó có 2 cuộc thanh tra, kiểm tra hành chính và 13 cuộc thanh tra, kiểm tra chuyên ngành.
Ông Trần Kỳ Sơn, Chánh Thanh tra Bộ KH&ĐT đánh giá, trong năm 2016, Thanh tra Bộ KH&ĐT đã bám sát các nhiệm vụ trọng tâm của Bộ, điều chỉnh cách thức tổ chức triển khai nhiệm vụ; tiến hành triển khai các cuộc thanh tra theo chuyên đề trong lĩnh vực KH&ĐT, tập trung vào hoạt động đầu tư sử dụng vốn nhà nước, các dự án BOT, đảm bảo kết quả của các cuộc thanh tra, kiểm tra có sức lan tỏa tới nhiều đối tượng, góp phần vào việc xây dựng cơ chế, chính sách liên quan đến các lĩnh vực quản lý của Bộ, đặc biệt trong lĩnh vực đầu tư công.