Sau hợp nhất, TP. Cần Thơ mới đóng vai trò cơ quan chủ quản 3 dự án thành phần (DATP) thuộc Dự án Đầu tư xây dựng đường bộ cao tốc Châu Đốc - Cần Thơ - Sóc Trăng giai đoạn 1. Hiện nay, tiến độ thực hiện các công trình cầu trên tuyến đạt và vượt tiến độ đề ra. Tuy nhiên, phần đường chưa đạt tiến độ theo yêu cầu do nguồn vật liệu tập kết về công trường còn chậm. Cụ thể, về cát san lấp, tổng nhu cầu cho các DATP 2, 3, 4 khoảng 21,10 triệu m3, hiện đã xác định nguồn khoảng 14,156 triệu m3 và khai thác về công trình khoảng 5,567 triệu m3. Về đá xây dựng, tổng nhu cầu khoảng 3,317 triệu m3. Hiện nay, nhà thầu đã tập kết về công trường và sử dụng khoảng 0,64 triệu m3.
Khó khăn nhất là DATP 4, hiện thiếu khoảng 5,37 triệu m3 cát san lấp và khoảng 0,31 triệu m3 đá xây dựng. Địa phương kiến nghị Thủ tướng Chính phủ cho phép nhà thầu thi công được giao mỏ theo cơ chế đặc thù. Đồng thời, kiến nghị 2 tỉnh Đồng Tháp, Vĩnh Long hỗ trợ điều chuyển nguồn cát từ các mỏ khai thác phục vụ Dự án Cao tốc Cần Thơ - Cà Mau sang Dự án Cao tốc Châu Đốc - Cần Thơ - Sóc Trăng.
Để giải quyết khó khăn chung cho cả 3 DATP, Ban Quản lý dự án công trình giao thông và nông nghiệp TP. Cần Thơ đang đề nghị các tỉnh An Giang, Đồng Tháp (tỉnh Tiền Giang cũ), Vĩnh Long tiếp tục hỗ trợ cung ứng đủ nguồn cát; các tỉnh Đồng Nai, TP.HCM (tỉnh Bình Dương cũ) hỗ trợ nguồn vật liệu đá. Bên cạnh đó, Ban đang khẩn trương chỉ đạo các đơn vị tư vấn, nhà thầu thi công phối hợp khảo sát thực hiện nghiên cứu điều chỉnh giải pháp thiết kế và biện pháp thi công để rút ngắn tiến độ, phấn đấu hoàn thành Dự án theo chỉ đạo của Thủ tướng.