6 sai phạm của Silent Bay được Tổng cục Du lịch chỉ ra, gồm: Không thực hiện chế độ lập, lưu trữ hồ sơ, tài liệu; không làm thủ tục đổi Giấy phép kinh doanh lữ hành quốc tế khi thay đổi người đại diện của pháp luật; sử dụng giấy tờ, tài liệu giả mạo khi lập hồ sơ đề nghị cấp Giấy phép kinh doanh lữ hành quốc tế; không cung cấp được xác nhận kinh nghiệm của người điều hành; sử dụng người nước ngoài làm việc tại Công ty không tuân thủ những quy định của pháp luật; chưa thực hiện thông báo thay đổi địa điểm trụ sở.
Cùng với việc thu hồi Giấy phép kinh doanh lữ hành quốc tế, Tổng cục Du lịch đề nghị Sở Du lịch tỉnh Khánh Hòa báo cáo UBND tỉnh Khánh Hòa chỉ đạo cơ quan chức năng tiếp tục kiểm tra làm rõ những sai phạm liên quan đến việc sử dụng người nước ngoài làm việc tại Công ty Silent Bay; đồng thời, rà soát, kiểm tra hoạt động kinh doanh trái phép của người nước ngoài và các doanh nghiệp Việt Nam trên địa bàn để ổn định hoạt động kinh doanh lữ hành tại Khánh Hòa.