Hiện nay Việt Nam đang tồn tại song song 2 khoản thu đều đánh vào cùng một đối tượng – quyền khai thác tài nguyên khoáng sản nhưng nguồn gốc pháp lý ban hành khác nhau, trong đó thuế tài nguyên (3–25%) thuộc hệ thống thuế quốc gia do Bộ Tài chính quy định (Luật Thuế tài nguyên), tiền cấp quyền khai thác khoáng sản (1–5%) thuộc pháp luật chuyên ngành tài nguyên/khoáng sản do Bộ Nông nghiệp và môi trường quy định (Luật Địa chất và khoáng sản 2024).
Việc thiết kế không hài hòa 2 chế độ thu này gây ra tình trạng “thuế chồng thuế”, dẫn tới tổng nghĩa vụ tài chính cao so với các nước, làm tăng gánh nặng cho doanh nghiệp, giảm hiệu quả khai thác và gây bất bình đẳng so với thông lệ quốc tế.
Trong khi đó, các quốc gia có ngành khai khoáng phát triển thường chỉ có một khoản thu dưới dạng thuế tài nguyên (royalty) tính linh hoạt theo sản lượng, giá trị, lợi nhuận hoặc giá thị trường.
Bản chất tiền cấp quyền và thuế tài nguyên đều là dựa vào tô mỏ, tính theo doanh thu và sản lượng thực tế, nhằm điều tiết hoạt động khai thác và tăng thu ngân sách nhà nước. Đây là khoản thu tài chính khi Nhà nước trao quyền khai thác khoáng sản (cấp phép) cho tổ chức, cá nhân, có thể thu một lần hoặc định kỳ. Do đó, cần hoàn thiện chính sách thuế, phí đối với khai thác khoáng sản nên theo hướng ưu tiên khai thác tận thu tài nguyên khoáng sản, bảo vệ môi trường. Nên nghiên cứu thống nhất về bản chất, hợp nhất thuế tài nguyên và tiền cấp quyền khai thác mỏ khoáng sản thành một khoản “thuế tài nguyên” do Bộ Tài chính quản lý thống nhất và tính đúng tính đủ thuế suất thuế tài nguyên, nhằm giảm bớt chi phí và gánh nặng tuân thủ thủ tục hành chính. Trong đó, áp dụng cơ chế ưu đãi có điều kiện với các mỏ khó khăn, quặng nghèo (như miễn, giảm thuế tài nguyên/tiền cấp quyền), doanh nghiệp đầu tư chế biến sâu hoặc thu hồi khoáng sản đi kèm (giảm thuế tài nguyên/tiền cấp quyền).
Về đấu giá quyền khai thác khoáng sản, theo tôi, nên sửa đổi theo hướng đấu giá quyền khai thác “mua mỏ” là đấu giá nộp thuế tài nguyên theo giá trị tô mỏ, đảm bảo hài hoà lợi ích. Trong đó, giá sàn là mức thuế tài nguyên. Đối với đấu thầu quyền khai thác khoáng sản, doanh nghiệp nào có phương án khai thác hợp lý, tốt nhất và giá cả hợp lý (giá thành hợp lý, tận thu tối đa tài nguyên khoáng sản, đảm bảo an toàn và bảo vệ môi trường) thì được lựa chọn trúng thầu cấp quyền khai thác.
