Trung tâm Phát triển quỹ đất Hà Nội được giao thực hiện bồi thường, hỗ trợ và tái định cư trên diện tích 21.378,3 m2 đất tại phường Mai Động và 2.561 m2 đất tại phường Vĩnh Hưng. Dự kiến sơ bộ, chi phí thực hiện bồi thường, hỗ trợ tái định cư khoảng 400,612 tỷ đồng.
Theo kế hoạch, ngân sách Thành phố sẽ ứng vốn từ Quỹ Phát triển đất Thành phố để thực hiện GPMB Dự án. Trường hợp nguồn vốn ứng từ Quỹ Phát triển đất Thành phố không đảm bảo thì Trung tâm Phát triển quỹ đất Hà Nội làm việc với Công ty CP Phát triển đô thị Nam Hà Nội để thống nhất phương án ứng vốn GPMB, không tính lãi và phương án hoàn trả nguồn vốn này, báo cáo UBND Thành phố xem xét, quyết định.