Nghị quyết quy định cách thức xử lý đối với các trường hợp sử dụng đất có sự mâu thuẫn giữa các quy hoạch hoặc chưa phù hợp với quy hoạch đã được phê duyệt. Trong đó, trường hợp khi thực hiện dự án đã được xác định trong quy hoạch ngành quốc gia, phù hợp với quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất hoặc quy hoạch được lập theo pháp luật về quy hoạch đô thị và nông thôn mà có mâu thuẫn, chồng chéo với các quy hoạch ngành khác thì cơ quan, người có thẩm quyền căn cứ quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất hoặc quy hoạch được lập theo pháp luật về quy hoạch đô thị và nông thôn để thực hiện các thủ tục thu hồi đất, giao đất, cho thuê đất, cho phép chuyển mục đích sử dụng đất theo quy định của pháp luật về đất đai.
Đối với trường hợp phải thu hồi đất để thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, an ninh nhưng chưa có trong quy hoạch sử dụng đất quốc phòng, quy hoạch sử dụng đất an ninh, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Bộ trưởng Bộ Công an gửi văn bản lấy ý kiến của ủy ban nhân dân cấp tỉnh nơi có đất.
