Bảng lương Tổng KTNN hiện nay có 2 bậc lương: Bậc 1 (9,70), Bậc 2 (10,30), tương đương mức lương của Bộ trưởng. Tổng KTNN Hồ Đức Phớc cho biết, theo quy định của Hiến pháp năm 2013, Luật KTNN năm 2015, nhiệm vụ và trách nhiệm của Tổng KTNN cao hơn, nặng nề hơn so với Luật KTNN năm 2006. Tuy nhiên, bậc lương của Tổng KTNN hiện nay vẫn chưa được sửa đổi để tương xứng với nhiệm vụ và trách nhiệm được giao. Bên cạnh đó, Tổng KTNN do Quốc hội bầu, chịu trách nhiệm trước Quốc hội và UBTVQH; chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung báo cáo kiểm toán của KTNN. Tổng KTNN chịu trách nhiệm trực tiếp về chất lượng chuyên môn, nghiệp vụ đối với kết luận, kiến nghị của ngành về sai phạm của đơn vị được kiểm toán và thực hiện nhiệm vụ của thành viên Ban chỉ đạo Trung ương về phòng chống tham nhũng.
Vì vậy, theo ông Hồ Đức Phớc, cần quy định bậc lương mới đối với Tổng KTNN để tương xứng với vị thế, trách nhiệm của Tổng KTNN đã được Hiến pháp năm 2013 và Luật KTNN năm 2015 quy định. KTNN đề nghị UBTVQH quy định Bảng lương mới, cụ thể Tổng KTNN có 2 bậc lương: Bậc 1 (9,80), Bậc 2 (10,40).
Đa số ý kiến của Ủy ban Tài chính ngân sách đồng ý với đề xuất của KTNN. Có ý kiến đề nghị, cần tăng mức lương của Tổng KTNN lên cao hơn, tương đương mức lương của Viện trưởng Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Chánh án Toà án nhân dân tối cao (Bậc 1, hệ số lương 10,4; Bậc 2, hệ số lương 11,00).
Theo Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân, dù quyết định mức lương của Tổng KTNN thuộc thẩm quyền Ủy ban Thường vụ Quốc hội nhưng vẫn nên để Ban Chỉ đạo cải cách tiền lương Trung ương xem xét.
Kết luận phiên thảo luận, Phó Chủ tịch Quốc hội Phùng Quốc Hiển đánh giá đề xuất về mức lương của Tổng KTNN là hợp lý. UBTVQH sẽ có ý kiến với Ban Chỉ đạo cải cách tiền lương trung ương, nếu Trung ương quyết định thì sẽ ban hành chính thức.