Tuy nhiên, sau 1 tháng mở phiên tòa, Hội đồng xét xử sơ thẩm đã có quyết định trả hồ sơ yêu cầu điều tra bổ sung. Một trong những nội dung trọng yếu được Tòa án yêu cầu điều tra bổ sung là việc thu hồi nợ của 3 ngân hàng Sacombank, TPBank và BIDV.
Sau khi mua lại cổ phần Ngân hàng Đại Tín với tỷ lệ chi phối từ bà Hứa Thị Phấn và ngồi vào ghế Chủ tịch HĐQT Ngân hàng Đại Tín (sau đổi tên là Ngân hàng Xây dựng - VNCB), Phạm Công Danh đã sử dụng tiền gửi của VNCB tại 3 ngân hàng Sacombank, BIDV, TPBank để làm tài sản bảo đảm cho các công ty của Danh vay tiền.
Cụ thể, tại Sacombank, có 6 công ty của Phạm Công Danh được vay 1.800 tỷ đồng. Do các công ty này không trả nợ đúng hạn nên Sacombank đã xử lý tiền gửi của VNCB để thu nợ gốc 1.800 tỷ đồng, lãi vay 35 tỷ đồng.
TPBank đã giải ngân cho 11 công ty số tiền 1.666,8 tỷ đồng và sau đó đã xử lý tiền gửi 1.706 tỷ đồng của VNCB để thu hồi nợ.
BIDV đã cấp tín dụng và giải ngân cho 12 công ty với số tiền 4.700 tỷ đồng với tài sản bảo đảm là tiền gửi 3.070 tỷ đồng của VNCB tại BIDV. Khoản tiền này đã được BIDV xử lý để thu hồi nợ.
Quá trình xét xử, Ngân hàng Xây dựng đã đề nghị Tòa án thu hồi 3 khoản tiền nói trên để khắc phục hậu quả thiệt hại. Tuy nhiên, cả Sacombank, TPBank và BIDV đều đưa ra nhiều quan điểm, lý lẽ để chứng minh việc thu hồi nợ của họ là đúng pháp luật, không có căn cứ để yêu cầu trả lại.
Tòa án đã trả hồ sơ, yêu cầu điều tra bổ sung làm rõ vấn đề này cũng như những mâu thuẫn trong Kết luận giám định của Ngân hàng Nhà nước (NHNN). Theo đó, Kết luận giám định khẳng định việc 3 ngân hàng thỏa thuận với VNCB nhận tiền gửi để bảo đảm cho 29 công ty vay tiền là đúng, việc thu hồi nợ là đúng. Tuy nhiên, Kết luận giám định cũng xác định 3 ngân hàng nêu trên khi cho vay có nhiều vi phạm.
Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã làm việc và có văn bản yêu cầu NHNN giải thích rõ kết luận giám định nói trên.
Theo văn bản trả lời, giải thích của NHNN, các hợp đồng cho vay của Sacombank, TPBank và BIDV đối với 29 công ty có đủ hiệu lực pháp lý. NHNN xác định về đối tượng cho vay, mục đích vay vốn đều phù hợp với quy định, không thuộc trường hợp cấm.
Nhưng việc cho vay của 3 ngân hàng nêu trên có nhiều vi phạm. Chẳng hạn, TPBank cho vay khi không có đủ hồ sơ tài liệu để xem xét, đánh giá khả năng tài chính, phương án sản xuất kinh doanh là chưa thực hiện đầy đủ quy định của Quyết định 1627. Ngân hàng này cũng không kiểm tra sau cho vay, không ký phụ lục để sửa đổi hợp đồng tín dụng theo đúng thỏa thuận với doanh nghiệp…
Dù vậy, NHNN xác định đây là các vi phạm trong khâu thẩm định, bảo đảm tiền vay, kiểm tra, giám sát khoản vay, không làm mất đi hiệu lực hợp đồng cho vay.
NHNN cũng xác định các hợp đồng bảo lãnh, cầm cố của VNCB có vi phạm. Cụ thể, các hợp đồng này chỉ có chữ ký của Phan Thành Mai, người đại diện theo pháp luật của VNCB, không có chữ ký của người quản lý rủi ro hoạt động bảo lãnh và người thẩm định khoản bảo lãnh. Như vậy là không tuân thủ Thông thư 28/2012/TT-NHNN.
Tuy nhiên, NHNN viện dẫn thêm Bộ luật Dân sự, trong đó quy định rằng đại diện là một người, pháp nhân, tổ chức có thể xác lập các giao dịch thông qua người đại diện.
Theo NHNN, trong trường hợp có sự khác biệt giữa Bộ luật Dân sự và các quy định chuyên ngành thì phải áp dụng văn bản có hiệu lực cao hơn, tức là áp dụng Bộ luật Dân sự. Từ đó, NHNN cho rằng dù các hợp đồng bảo lãnh, cầm cố không tuân thủ Thông tư 28 do chính cơ quan này ban hành thì nó vẫn có hiệu lực pháp luật.
Trên cơ sở các hợp đồng bảo lãnh, cầm cố có hiệu lực pháp luật, việc thu hồi nợ, xử lý tiền gửi của VNCB tại Sacombank, TPBank và BIDV là có cơ sở pháp lý.