Theo Quy chế, Ban Chỉ đạo quốc gia hoạt động trên nguyên tắc tuân thủ pháp luật, phân công nhiệm vụ rõ ràng, đề cao trách nhiệm của người đứng đầu và tăng cường phối hợp giữa các bộ, ngành. Các thành viên Ban Chỉ đạo chịu trách nhiệm trước Trưởng ban về công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả thuộc lĩnh vực quản lý cũng như các nhiệm vụ được phân công.
Phó Thủ tướng Thường trực Phạm Gia Túc làm Trưởng Ban Chỉ đạo. Các Phó Trưởng ban gồm Bộ trưởng Bộ Tài chính Ngô Văn Tuấn (Phó Trưởng ban Thường trực), Bộ trưởng Bộ Công Thương Lê Mạnh Hùng, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng Nguyễn Văn Gấu và Thứ trưởng Bộ Công an Nguyễn Ngọc Lâm. Ban Chỉ đạo có sự tham gia của lãnh đạo nhiều bộ, ngành, cơ quan Trung ương như Văn phòng Chính phủ, Ngân hàng Nhà nước, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Thanh tra Chính phủ, Đài Truyền hình Việt Nam, Thông tấn xã Việt Nam cùng các lực lượng Hải quan, Thuế, Bộ đội Biên phòng, Cảnh sát biển, Công an và Quản lý thị trường.
Quy chế cũng quy định Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo là cơ quan tham mưu, giúp việc cho Trưởng ban và các Phó Trưởng ban trong công tác điều hành, chỉ đạo hoạt động của Ban Chỉ đạo quốc gia. Cơ quan này có trách nhiệm tổ chức thực hiện các nhiệm vụ theo quy định của Thủ tướng Chính phủ và hoạt động theo quy chế riêng.
Việc ban hành Quy chế được kỳ vọng tạo cơ sở pháp lý thống nhất cho hoạt động của Ban Chỉ đạo quốc gia, nâng cao hiệu quả phối hợp giữa các lực lượng chức năng trong phòng, chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả, góp phần bảo vệ thị trường, quyền lợi người tiêu dùng và môi trường kinh doanh lành mạnh.
