Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia hoạt động vì mục tiêu góp phần thúc đẩy phát triển hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo trở thành động lực trung tâm của mô hình tăng trưởng mới, giải quyết hiệu quả bài toán phát triển kinh tế - xã hội ở quy mô quốc gia, có tính liên ngành, liên vùng thông qua tài trợ, đặt hàng các nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo.
Đồng thời, nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia; hình thành trí thức nền; góp phần làm chủ được một số công nghệ lõi, công nghệ cao, công nghệ chiến lược; phát triển đội ngũ nhà khoa học tài năng, nhà khoa học trẻ, nhóm nghiên cứu mạnh; hình thành được một số trung tâm nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ có uy tín trong khu vực và quốc tế.
Định hình mô hình quỹ tài trợ nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ bảo đảm tính độc lập, minh bạch, cạnh tranh theo chuẩn mực quốc tế.
Tổ chức và hoạt động của Quỹ bảo đảm tuân thủ pháp luật, phù hợp với chiến lược, quy hoạch và định hướng phát triển khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo của quốc gia; bảo đảm tổ chức tinh gọn, chuyên nghiệp, gắn quyền hạn với trách nhiệm giải trình của tập thể và cá nhân.
Hoạt động tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ của Quỹ được thực hiện thông qua đánh giá chuyên môn độc lập, bảo đảm tự chủ học thuật, khách quan, công khai, minh bạch và cạnh tranh; tuân thủ liêm chính khoa học, đạo đức nghề nghiệp trong nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; bảo đảm không trùng lặp với các nguồn ngân sách khác; phòng ngừa và kiểm soát xung đột lợi ích; áp dụng chuẩn mực quốc tế; gắn với nhu cầu của thị trường, xác định doanh nghiệp là trung tâm.
Kinh phí ngân sách nhà nước cấp cho Quỹ được bố trí hằng năm trong dự toán chi sự nghiệp khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo trên cơ sở chủ trương, kế hoạch của cấp có thẩm quyền dự kiến phát sinh cần bố trí nguồn lực để thực hiện. Việc giao dự toán và cấp kinh phí cho Quỹ được thực hiện theo tổng mức và không gắn với danh mục nhiệm vụ cụ thể tại thời điểm giao dự toán và cấp kinh phí. Ngân sách nhà nước sử dụng cho tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ được bố trí theo nguyên tắc giảm dần tương ứng với mức độ hoàn thiện của kết quả nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và khả năng huy động nguồn lực ngoài ngân sách.
Quỹ thực hiện quản lý hoạt động tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ dựa trên kết quả đầu ra, hiệu quả và tác động; bảo đảm hài hòa giữa nghiên cứu có tính kế thừa, rủi ro thấp với nghiên cứu có tính tiên phong, đột phá, rủi ro cao; chấp nhận rủi ro khoa học, rủi ro công nghệ trong phạm vi có kiểm soát; bảo đảm khuyến khích sáng tạo và đổi mới, tôn trọng quy luật khách quan và đặc thù của hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; có cơ chế khuyến khích đối với nhà khoa học nữ theo quy định.
Đẩy mạnh ứng dụng công nghệ số, trí tuệ nhân tạo và các công cụ hỗ trợ trong xây dựng kế hoạch, quản lý, giám sát, đánh giá và công khai việc sử dụng nguồn lực tài chính nhằm nâng cao hiệu quả quản lý.
Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia có chức năng tài trợ, đặt hàng thực hiện chương trình, nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo để nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; hỗ trợ hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia theo quy định của pháp luật.