Điển hình như Gói thầu XL-03 thi công đường dài 5km, thì có đến trên 3km nền đất yếu, đoạn qua Đầm Nhà Mạc dài 1,2km có chỗ sâu đến 25m là đất yếu; Gói thầu XL-04 thi công cầu sông Hốt lại gặp phải đá vôi phong hoá mạnh có nhiều hang Karst... gây khó khăn cho quá trình thi công dự án. Để khắc phục đơn vị thi công đã phải thực hiện đắp đất gia tải theo từng giai đoạn, tại từng vị trí thực tế. Tuy nhiên, tốc độ lún khá phức tạp, lún không ổn định, nhiều vị trí đường lún nhanh so với tính toán ban đầu. Điển hình như kết quả quan trắc thực tế của đơn vị tư vấn trong tháng 9-2016 nhận định, nhiều vị trí đắp đất gia tải sẽ lún khoảng 2,5m so với cốt nền đường và sẽ tắt lún trong tháng 2-2017. Song đến nay, do lún chậm, các vị trí này mới lún được 2,2m, như vậy hiện nay nền đường chưa tắt lún. Lún nền không chỉ ảnh hưởng đến thi công đường, ngay tại các vị trí cầu như cầu sông Rút, dù đã hợp long, song hai đầu cầu vẫn còn lún, vì thế hiện nhà thầu chưa thể thi công hoàn thiện rầm tại hai đầu cầu. Trong khi hàng tháng, Hội đồng nghiệm thu nhà nước, Bộ GT-VT đều tiến hành kiểm tra, khảo sát và yêu cầu các nhà thầu phải tắt lún qua theo dõi thực tế mới cho phép dỡ tải để thi công tiếp.
Cũng bị ảnh hưởng bởi địa chất, thay vì lún, cầu Sông Hốt do thi công trong vùng địa chất đá vôi phong hoá mạnh, các trụ cầu gặp hang Karst phải điều chỉnh thiết kế cho từng trụ, từng cọc, bổ sung các giải pháp thi công đặc biệt, phải khoan khảo sát kiểm tra địa chất tại tim từng cọc. Vì thế tiến độ thi công kéo dài do xử lý cọc khoan nhồi. Tình hình địa chất có hang động còn diễn ra cục bộ tại các cầu: Hang Cua, Cái Thành, Bình Hương, Kênh Trai 1, Kênh Trai 2, Tân An, Phong Hải và cũng phải điều chỉnh lại thiết kế, xử lý sự cố. Những điều này đã khiến dự án gặp khó khăn, tiến độ không hoàn thành trong năm 2016 so với kế hoạch.
Để hoàn thành dự án đưa vào khai thác, sử dụng, phát huy hiệu quả sau đầu tư, song song với việc tập trung khắc phục khó khăn, hiện chủ đầu tư cùng các nhà thầu đang tích cực đẩy nhanh thi công các hạng mục không bị ảnh hưởng bởi địa chất. Theo đó, tổng thể dự án đã đạt trên 80% các hạng mục. Tại vị trí nền ổn định, không bị lún, các gói thầu thi công đường đã cơ bản thi công xong cống thoát nước, nền K95, thảm nhựa mặt đường được gần 5km. Các cầu trên tuyến không bị ảnh hưởng bởi địa chất đã xong hạng mục chính, hiện đang hoàn thiện lan can, dải phân cách, điện chiếu sáng.