Tuy nhiên, qua thanh tra phát hiện, nhiều DN được cấp phép khai thác đá vôi đã thu hồi loại vật liệu này làm nguyên liệu xi măng và làm vôi công nghiệp để bán cho các đơn vị sản xuất xi măng và sản xuất vôi công nghiệp. Thực tế này dẫn tới bất cập là nhiều DN sản xuất xi măng, sản xuất vôi công nghiệp không có Giấy phép khai thác đá vôi vẫn hoạt động bình thường. Điều này tạo nên sự cạnh tranh không lành mạnh giữa các DN và gây thất thu cho ngân sách nhà nước.
Để chấn chỉnh việc thực hiện các quy định của pháp luật về khai thác khoáng sản trong quá trình thanh tra, Thanh tra Bộ TN&MT đã ban hành 5 quyết định xử phạt hành chính đối với 5 tổ chức, cá nhân có các hành vi vi phạm với tổng số tiền là 1,330 tỷ đồng.