Năm 2015, các đơn vị thuộc Bộ NN&PTNT đã tổ chức 12 lượt kiểm tra công tác đấu thầu đối với chủ đầu tư, dự án. Kết quả kiểm tra đã phát hiện một số chủ đầu tư còn hạn chế, thiếu sót trong việc lập, thẩm định phê duyệt HSMT… Cụ thể là thời gian lựa chọn nhà thầu chưa đúng với kế hoạch lựa chọn nhà thầu được duyệt do việc tổ chức đấu thầu phụ thuộc vào nguồn vốn được phân bổ; chất lượng HSMT, hồ sơ yêu cầu chưa tốt do năng lực của tư vấn lập HSMT còn yếu, việc tiếp cận quy định mới chưa đầy đủ, dập khuôn máy móc trong soạn thảo HSMT, điều kiện cụ thể hợp đồng nêu trong HSMT chưa rõ ràng hoặc còn chung chung, dẫn đến lúng túng trong quá trình đánh giá, thương thảo, ký hợp đồng và xử lý các phát sinh trong quá trình thực hiện hợp đồng. Bên cạnh đó, việc tổ chức đánh giá hồ sơ dự thầu, hồ sơ đề xuất đối với một số chủ đầu tư chưa thực sự tốt do tổ chuyên gia còn thiếu, yếu về năng lực, kinh nghiệm.
