Báo cáo của ĐSVN đánh giá, sự cố sập cầu Đồng Nai lớn (cầu Ghềnh) làm gián đoạn chạy tàu trên tuyến đường sắt Bắc - Nam, ảnh hưởng nghiêm trọng đến công tác vận tải và kết quả sản xuất, kinh doanh của đơn vị.
Cụ thể, trong quý I/2016, phần lớn các chỉ tiêu đều đạt thấp so với cùng kỳ năm 2015 và so với kế hoạch đề ra năm 2016. Giá trị tổng sản lượng đạt hơn 2.413 tỷ đồng (bằng 90% so với cùng kỳ 2015), doanh thu đạt 2.387 tỷ đồng (bằng 90,8% so với cùng kỳ 2015). Với những khó khăn tiếp diễn, trong quý II, ĐSVN dự báo sản lượng và doanh thu sẽ tiếp tục giảm sâu. Tổng công ty đặt mục tiêu doanh thu đạt 95% kế hoạch; doanh thu của các công ty cổ phần vận tải đạt 85% kế hoạch.
Ngoài nguyên nhân sự cố sập cầu Ghềnh, sự yếu kém của các doanh nghiệp thành viên đã thực hiện cổ phần hóa (chưa bắt kịp cơ chế thị trường, chưa có giải pháp thực sự hiệu quả để phát huy ưu thế); lãnh đạo các chi nhánh trực thuộc ĐSVN chưa thực sự ý thức được vai trò của đơn vị trong mô hình tổ chức mới, chưa chủ động trong điều hành, giải quyết vướng mắc trong sản xuất cũng góp phần làm ảnh hưởng đến kết quả hoạt động kinh doanh của Tổng công ty.