Dự án đi qua 13 tỉnh, thành phố và có phạm vi GPMB lớn nên trong quá trình triển khai gặp nhiều khó khăn, vướng mắc, cần có sự phối hợp, hỗ trợ của các bộ, ngành và sự vào cuộc quyết liệt của các địa phương.
Đến nay, có 5 địa phương hoàn thành GPMB đạt trên 95% gồm: Quảng Trị (100%), Thừa Thiên Huế (97,4%), Ninh Thuận (96,7%), Bình Thuận (95,4%), Vĩnh Long (100%) và có 6 địa phương có tỷ lệ GPMB đạt dưới 90%, gồm: Ninh Bình (89,6%), Thanh Hóa (89,4%), Nghệ An (87%), Hà Tĩnh (82,3%), Khánh Hòa (73%), Đồng Nai (85,7%).
Bộ GTVT đánh giá, công tác xây dựng các khu tái định cư (TĐC) của các địa phương có cao tốc đi qua cũng chưa đảm bảo tiến độ yêu cầu, hiện mới đạt khoảng 44% khối lượng. Trong đó, một số địa phương thực hiện công tác này chậm, gồm: Nam Định (có 1 khu TĐC, chưa hoàn thành); Ninh Bình (hoàn thành 1/5 khu TĐC); Nghệ An (có 28 khu TĐC, chưa hoàn thành); Hà Tĩnh (có 2 khu TĐC, chưa hoàn thành); Khánh Hòa (có 7 khu TĐC, chưa hoàn thành); Ninh Thuận (có 2 khu TĐC, chưa hoàn thành); Đồng Nai (có 3 khu TĐC, chưa hoàn thành); Tiền Giang (có 1 khu TĐC, chưa hoàn thành).
Hiện công tác di dời các công trình hạ tầng kỹ thuật của các địa phương có cao tốc Bắc - Nam đi qua mới đạt khoảng 9% khối lượng và không thể hoàn thành trong quý III/2020. Đến nay mới có tỉnh Quảng Trị đã di dời 87,5% đường điện và 100% đường cáp quang. Các địa phương còn lại khối lượng hoàn thành di dời hạ tầng kỹ thuật đạt dưới 50%.