Bộ Tài chính đang hoàn thiện Dự thảo Nghị định quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Dự thảo Nghị định quy định về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử. Tuy nhiên, hiện các dự thảo chưa có quy định hướng dẫn kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của nhóm đối tượng doanh nghiệp nước ngoài có cơ sở thường trú (CSTT) tại Việt Nam phát sinh thu nhập liên quan đến CSTT đó. Điều này đang tạo khoảng trống pháp lý trong quản lý thuế và xác định nghĩa vụ thuế TNDN, có thể gây ra một số vướng mắc.
Loại hình CSTT là khái niệm quan trọng trong thông lệ quốc tế và các hiệp định tránh đánh thuế 2 lần. Khi doanh nghiệp nước ngoài có hoạt động tại Việt Nam thông qua CSTT, phần thu nhập phân bổ cho CSTT sẽ thuộc quyền thu thuế của Việt Nam. Tuy nhiên, quy định hiện hành tại Thông tư 20/2026/TT-BTC chưa làm rõ phương pháp tính thuế, dẫn đến khó khăn cho cả doanh nghiệp và cơ quan thuế trong xác định nghĩa vụ thuế.
Đặc biệt, thực tế có nhiều trường hợp doanh nghiệp nước ngoài có CSTT tại Việt Nam, nếu không đăng ký mã số thuế, không lập bộ máy kế toán tại Việt Nam, không hạch toán riêng chi phí phát sinh trong và ngoài Việt Nam, thì khó xác định chính xác nghĩa vụ thuế TNDN phải kê khai, nộp thuế và cơ quan thuế cũng không có công cụ pháp lý rõ ràng để kiểm tra, xác minh và xác định nghĩa vụ thuế.
Trước đây, cơ chế thuế nhà thầu được triển khai rất hiệu quả và ổn định, nhưng hiện không còn được kế thừa rõ ràng, tiềm ẩn cho bên mua dịch vụ là doanh nghiệp Việt Nam, bên nước ngoài cung cấp dịch vụ và cơ quan thuế quản lý. Doanh nghiệp Việt Nam có thể không còn cơ sở khấu trừ, nộp thuế thay cho đối tác nước ngoài đối với các hợp đồng dịch vụ tư vấn, hỗ trợ kỹ thuật, công nghệ thông tin, đào tạo, hỗ trợ quản lý…
Để tránh thất thu ngân sách và rủi ro tuân thủ, cần cho phép tiếp tục áp dụng cơ chế thuế nhà thầu cho nhóm đối tượng trên, đồng thời bổ sung quy định hướng dẫn khấu trừ, kê khai - nộp thuế tại nguồn theo phương pháp trực tiếp thông qua bên Việt Nam.
