Dự án được Công ty CP Cảng Đà Nẵng thực hiện với quy mô đầu tư xây dựng 1 cầu cảng 50.000 DWT cho tàu container tải trọng đến 50.000 DWT và tàu khách tải trọng đến 100.000 GT và 1 cầu cảng 20.000 DWT cho tàu container 20.000 DWT và tàu tổng hợp có thông số tương đương. Tổng vốn đầu tư của Dự án là 1.069,89 tỷ đồng, trong đó vốn tự có là 384,09 tỷ đồng (chiếm 35,9%); vốn vay là 329,53 tỷ đồng (chiếm 30,8%); vốn huy động là 356,27 tỷ đồng (chiếm 33,3%).
Dự án được lập, thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư từ tháng 12/2014 - 10/2015; lựa chọn nhà thầu và thi công xây dựng từ tháng 11/2015 - 5/2018. Tháng 6/2018, Dự án kết thúc đầu tư và đưa vào khai thác sử dụng.
Liên quan tới công tác đấu thầu, theo Báo cáo của Công ty CP Cảng Đà Nẵng, Dự án được ĐHĐCĐ Công ty phê duyệt tại Quyết định số 622/QĐ-ĐHĐCĐ ngày 2/10/2015. Dự án có 18 gói thầu với giá dự toán được phê duyệt là 839,668 tỷ đồng, gồm 2 gói thầu xây lắp, 2 gói thầu thiết bị, 10 gói thầu tư vấn và 4 gói thầu khác. Kết quả lựa chọn các gói thầu nêu trên có giá trúng thầu là 814,102 tỷ đồng, thấp hơn giá dự toán được duyệt là 25,566 tỷ đồng, tỷ lệ tiết kiệm đạt 3%.
Theo Báo cáo, Dự án được Bộ Giao thông vận tải (GTVT) cho phép Ban Quản lý dự án 85 lập dự án đầu tư xây dựng công trình nâng cấp, mở rộng cảng Tiên Sa - Đà Nẵng (giai đoạn 2), giao nhiệm vụ chủ đầu tư Dự án cho Ban Quản lý dự án 85.
Ngày 31/10/2014, Bộ GTVT có băn bản đồng ý chủ trương giao Cảng Đà Nẵng huy động vốn để đầu tư thực hiện Dự án. Theo đó, Công ty đã triển khai thực hiện cá thủ tục lập, trình duyệt quy hoạch chi tiết 1/500, xin chấp thuận mặt bằng tổng thể Dự án với Bộ GTVT, thỏa thuận vị trí tuyến bến với Cục Hàng hải Việt Nam và thực hiện khởi công xây dựng từ ngày 31/7/2016.
Sau khi lấy ý kiến các bộ, ngành về chủ trương đầu tư Dự án, Bộ Kế hoạch và Đầu tư (KH&ĐT) xác định, Dự án được triển khai thực hiện sau ngày Luật Đầu tư năm 2014 có hiệu lực thi hành. Trình tự, thủ tục quyết định chủ trương đầu tư phải tuân thủ quy định của Luật Đầu tư năm 2014 và Nghị định số 118/2015/NĐ-CP ngày 12/22/2015. Khi đó, Dự án “xây dựng và kinh doanh cảng biển quốc gia” thuộc thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư của Thủ tướng Chính phủ.
Qua xem xét hồ sơ Dự án, Báo cáo của UBND TP. Đà Nẵng và Công ty CP Cảng Đà Nẵng cho thấy, Dự án chưa có quyết định chủ trương đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Do vậy, cơ sở pháp lý triển khai Dự án chưa được đảm bảo.
Theo Báo cáo của nhà đầu tư, tại thời điểm tổ chức thực hiện Dự án, do chưa nhận thức được đầy đủ sự thay đổi giữa Luật Đầu tư năm 2005 và Luật Đầu tư năm 2014 nên Công ty CP Cảng Đà Nẵng chưa làm thủ tục xin cấp có thẩm quyền là Thủ tướng Chính phủ quyết định chủ trương đầu tư mà đã thực hiện triển khai đầu tư các hạng mục Dự án là có sai sót về trình tự thủ tục đầu tư. Công ty xin rút kinh nghiệm và chịu trách nhiệm về xử lý vi phạm hành chính đối với việc triển khai thực hiện Dự án khi chưa có quyết định chủ trương đầu tư.
Trên thực tế, pháp luật về đầu tư không có quy định cấm nhà đầu tư khởi công triển khai thực hiện Dự án trước khi cấp có thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư. Luật Đầu tư và Nghị định số 50/2016/NĐ-CP ngày 1/6/2016 của Chính phủ có quy định xử lý vi phạm đối với việc triển khai dự án khi chưa được quyết định chủ trương đầu tư. Theo đó, nhà đầu tư sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính và bị xử lý các trường hợp vi phạm khác (nếu có).
Tổng hợp các ý kiến của các bộ, ngành, Bộ KH&ĐT cho biết, Dự án đã được thực hiện hoàn thành, phù hợp với quy hoạch và đang phát huy hiệu quả, chỉ còn tồn tại là Dự án được triển khai thực hiện khi chưa có quyết định chủ trương đầu tư.
Hiện tại, pháp luật về đầu tư không có quy định cấm nhà đầu tư khởi công triển khai thực hiện Dự án trước khi cấp có thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư, mà chỉ có quy định về xử phạt hành chính. Do đó, Bộ KH&ĐT trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định chủ trương đầu tư Dự án sau khi Công ty CP Cảng Đà Nẵng thực hiện nghĩa vụ nộp tiền phạt vi phạm hành chính theo quy định.
Bộ KH&ĐT đề nghị Thủ tướng Chính phủ giao UBND TP. Đà Nẵng yêu cầu cơ quan có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế hoạch và đầu tư đối với Công ty CP Cảng Đà Nẵng; giao Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines) chịu trách nhiệm đồng ý về chủ trương để người đại diện phần vốn của Vinalines biểu quyết thông qua chủ trương đầu tư Dự án cũng như hiệu quả trong sử dụng vốn, tài sản của Nhà nước, bảo toàn vốn và phát triển vốn tại doanh nghiệp khi Công ty CP Cảng Đà Nẵng thực hiện Dự án.