Theo Cục Hải quan TP.HCM, tổng số tờ khai nhập khẩu trong 3 tháng đầu năm 2016 là 309.185 tờ; số tờ khai phải kiểm tra chuyên ngành là 123.283 tờ. Kết quả này cho thấy, quy định về kiểm tra chuyên ngành hiện nay không hiệu quả và hiệu lực. Bên cạnh gánh nặng chi phí mà DN phải bỏ ra trả cho các cơ quan kiểm tra chuyên ngành rất lớn, thì lớn hơn nhiều lần là chi phí cơ hội mà DN phải chịu vì thời gian thông quan bị kéo dài.
Năm 2015, Cục Hải quan TP.HCM phát hiện 76 vụ vi phạm, phạt 0,019% trên tổng số tờ khai kiểm tra chuyên ngành trong năm. Quý I/2016, có 11 vụ vi phạm, chiếm 0,0089% trên tổng số tờ khai kiểm tra chuyên ngành trong quý, trong khi số tờ khai phải kiểm tra chuyên ngành thì quá nhiều.
