Lý giải nguyên nhân thua lỗ, Công ty CP Thủy điện Nậm Mu cho biết đó là do trong quý IV/2016, lượng mưa ít nên các nhà máy thủy điện chưa phát hết công suất, doanh thu tài chính giảm 1 tỷ đồng, thu nhập khác giảm 5 tỷ đồng. Trong khi đó, chi phí giá vốn và chi phí khác giảm 6,7 tỷ đồng; chi phí quản lý doanh nghiệp, chi phí tài chính và chi phí thuế thu nhập doanh nghiệp lại tăng 10,6 tỷ đồng, do công ty con trích lập dự phòng phải thu khó đòi.
Kết quả sản xuất kinh doanh không khả quan trong quý IV/2016 được cho sẽ ảnh hưởng tới kết quả sản xuất, kinh doanh cả năm của Công ty CP Thủy điện Nậm Mu, mặc dù hoạt động kinh doanh các quý I, II và III đều có lãi.
Trong năm 2016, Công ty CP Thủy điện Nậm Mu đã đấu thầu rộng rãi trong nước để lựa chọn nhà thầu thực hiện Gói thầu Thiết kế, cung cấp vật tư thiết bị, thi công lắp đặt và thí nghiệm hiệu chỉnh hệ thống thông tin viễn thông, SCADA TBA 110KV Nhà máy Thủy điện Nậm Ngần. Công ty CP Ứng dụng và Phát triển công nghệ thông tin là nhà thầu trúng thầu với mức giá 1,648 tỷ đồng, chỉ giảm 4,4 triệu đồng so với giá gói thầu.