Sau khi hiệp định này có hiệu lực, hai Bên sẽ thành lập Ủy ban hỗn hợp, Ủy ban về thương mại hàng hóa, Tiểu ban về quy tắc xuất xứ, để phối hợp triển khai hiệu quả, đồng thời giám sát việc thực thi Hiệp định.
VN - EAEU FTA được khởi động từ tháng 3/2013, qua 2 năm đàm phán với 8 phiên chính thức và nhiều phiên họp giữa kỳ, Hiệp định đã được ký kết chính thức vào ngày 29/5/2015. Mới đây, Bộ Ngoại giao Việt Nam đã có văn bản thông báo việc hai bên đã hoàn tất thủ tục phê chuẩn và VN - EAEU FTA sẽ chính thức có hiệu lực từ ngày 5/10 tới.