Về việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất và bán tài sản trên đất, kết luận thanh tra của Bộ NN&PTNT, chỉ rõ từ năm 2014 đến thời điểm thanh tra, Vinafood 2 đã bán tài sản trên đất, đồng thời chuyển quyền sử dụng đất sai với quy định tại Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg ngày 19/1/2007 của Thủ tướng Chính phủ. Cụ thể, lô đất 697 m2 tại ấp Tân Phú 2, xã Tân Thuận Bình, huyện Chợ Gạo, tỉnh Tiền Giang: 179 triệu đồng; ba cồn nuôi trồng thủy sản và tài sản đi kèm tại Công ty Nông sản thực phẩm Trà Vinh gần 102 tỷ đồng; căn nhà số 2 Điện Biên Phủ, TP. Trà Vinh: 12,6 tỷ đồng. Tổng giá trị 3 tài sản đã bán là hơn 114,7 tỷ đồng.
Vinafood 2 đã tự tính số tiền chuyển nhượng sau khi trừ các chi phí, số còn lại tạm nộp vào tài khoản của Cục Quản lý công sản, Bộ Tài chính là sai với quy định tại Thông tư số 41/2015/TT-BTC ngày 27/3/2015 của Bộ Tài chính và Quyết định số 71/2014/QĐ-TTg ngày 17/12/2014 sửa đổi bổ sung Khoản 5 Điều 1 Quyết định số 140/2008/QĐ-TTg ngày 21/10/2008 của Thủ tướng Chính phủ.
Số tiền mà Công ty Lương thực Tiền Giang đã hạch toán vào kết quả sản xuất kinh doanh năm 2015 với số tiền lãi hơn 42,2 tỷ đồng là sai với quy định tại Quyết định số 71/2014/QĐ-TTg ngày 17/12/2014 về việc sửa đổi bổ sung một số điều của Quyết định số 140/2008/QĐ-TTg ngày 21/10/2008 của Thủ tướng Chính phủ.
"Trách nhiệm đối với khuyết điểm, sai phạm nêu trên chủ yếu thuộc về Hội đồng thành viên Tổng Công ty, trực tiếp là Chủ tịch Hội đồng thành viên tại thời điểm ban hành chủ trương bán tài sản; trách nhiệm đề xuất chủ trương là Tổng Giám đốc Tổng Công ty; trách nhiệm tham mưu là Giám đốc các công ty nêu trên và Trưởng Phòng Kỹ thuật xây dựng cơ bản và cá nhân liên quan thuộc Tổng công ty", kết luận thanh tra chỉ rõ.
Đối với dự án khách sạn cao cấp, cao ốc văn phòng và trung tâm thương mại cho thuê tại 34, 36, 42 đường Chu Mạnh Trinh và 33 Nguyễn Du, phường Bến Nghé, quận 1, TPHCM, Tổng Giám đốc Vinafood 2 đã thỏa thuận, thống nhất với Công ty TNHH Thương mại-Quảng cáo-Xây dựng-Địa ốc Việt Hân (viết tắt là Công ty Việt Hân) tại Biên bản số 07/TCT-VP ngày 21/9/2015 về đền bù giải phóng mặt bằng đối với 34 hộ dân đang ở trên khu đất thực hiện dự án là sai với nội dung Nghị quyết số 01/NQ-HĐTV ngày 5/2/2015 của Hội đồng thành viên Tổng Công ty, thỏa thuận giữa Công ty Việt Hân với Tổng Công ty tại Văn bản số 14/2015/CV-VHG ngày 4/2/2015 của Công ty Việt Hân, Văn bản số 291/TCT-KTXDCB ngày 4/02/2015 của Tổng Công ty; sai với nội dung Văn bản số 2022/TCT-VP ngày 23/6/2015 của Tổng Công ty, Văn bản số 5598/BNN-QLDN ngày 14/7/2015 của Bộ NN&PTNT trình Thủ tướng Chính phủ và trái với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Công văn số 1647/TTg-KTN ngày 15/9/2015 "Về việc thực hiện phương án sắp xếp lại cơ sở nhà, đất tại số 33 Nguyễn Du, 34,36 và 42 Chu Mạnh Trinh, phường Bến Nghé, Quận 1, TPHCM".
Kết luận thanh tra cũng chỉ rõ, Hội đồng Thành viên Tổng Công ty ban hành Nghị quyết số 05/NQ-HĐTV ngày 22/10/2015 có nội dung về đền bù giải phóng mặt bằng đối với 34 hộ dân đang ở trên khu đất thực hiện dự án là sai với Nghị quyết số 01/NQ-HĐTV ngày 5/2/2015 và thỏa thuận giữa Công ty Việt Hân với Tổng Công ty tại Văn bản số 14/2015/CV-VHG ngày 4/2/2015 của Công ty Việt Hân và Văn bản số 291/TCT-KTXDCB ngày 04/02/2015 của Tổng Công ty; sai với nội dung Văn bản số 2022/TCT-VP ngày 23/6/2015 của Tổng Công ty, trái với chỉ đạo của Bộ NN&PTNTtại Văn bản số 5598/BNN-QLDN ngày 14/7/2015, Văn bản số 7887/BNN-QLDN ngày 25/9/2015 và trái với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Văn bản số 1647/TTg-KTN ngày 15/9/2015.
Nghị quyết số 05/NQ-HĐTV ngày 22/10/2015 đã chuyển trách nhiệm chi phí đền bù giải phóng mặt bằng đối với 34 hộ dân từ Công ty TNHH Hai thành viên Thương mại-Dịch vụ-Xây dựng Việt Hân Sài Gòn (trong đó Công ty Việt Hân chịu 80% trên tỉ lệ vốn góp và Tổng Công ty chịu 20% theo tỉ lệ vốn góp) sang Tổng công ty chịu trách nhiệm 100%. Theo thỏa thuận giữa Tổng Công ty và Công ty Việt Hân, số tiền chi cho đền bù, giải phóng mặt bằng (dự kiến của hai bên) là 68 tỷ đồng, lấy từ tài khoản Cục Quản lý công sản, Bộ Tài Chính. Như vậy, nếu thực hiện theo đúng thỏa thuận trên thì ngân sách nhà nước bị thất thoát (80%), tương đương với trên 54 tỷ đồng.
"Trách nhiệm về khuyết điểm, sai phạm nêu trên chủ yếu thuộc Hội đồng Thành viên Tổng Công ty, Chủ tịch Hội đồng Thành viên tại thời điểm ban hành Nghị quyết số 05/NQ-HĐTV; trách nhiệm đề xuất của Tổng Giám đốc Tổng Công ty và Trưởng các Phòng chức năng, các cá nhân liên quan của Tổng Công ty", kết luận thanh tra nêu.
Về xử lý sau thanh tra, Bộ NN&PTNT yêu cầu Vinafood 2 tiếp tục thực hiện những nội dung trong Kết luận thanh tra số 2734/KL-TTCP ngày 25/9/2015 của Thanh tra Chính phủ. Nghiêm túc triển khai thực hiện ý kiến chỉ đạo của Bộ Tài chính về việc bán tài sản; tiếp tục triển khai thực hiện cổ phần hóa Tổng Công ty theo đúng kế hoạch, tiến độ và quy định của pháp luật. Kiểm điểm và xử lý trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân có những tồn tại, khuyết điểm và sai phạm nêu trên theo đúng quy định của pháp luật.
Nghiêm túc thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Công văn số 1647/TTg-KTN ngày 15/9/2015 "Về việc thực hiện phương án sắp xếp lại cơ sở nhà, đất tại số 33 Nguyễn Du, 34,36 và 42 Chu Mạnh Trinh, phường Bến Nghé, Quận 1, TPHCM.
Bộ NN&PTNT cũng yêu cầu Vinafood 2 báo cáo kết quả thực hiện về Bộ trước ngày 15/8 tới để tổng hợp báo Thủ tướng Chính phủ.