Theo Kết luận thanh tra, mặc dù năm 2014, Bệnh viện Mắt Nghệ An đã xây dựng Quy chế Chi tiêu nội bộ làm căn cứ để thực hiện việc quản lý, sử dụng nguồn kinh phí và để Kho bạc Nhà nước (KBNN) thực hiện kiểm soát chi, tuy nhiên trong quy chế này lại chưa xác định mức trích lập các quỹ theo quy định tại Nghị định số 85/2012/NĐ-CP ngày 15/10/2012 của Chính phủ về cơ chế tài chính với các đơn vị sự nghiệp y tế công lập. Bên cạnh đó, xây dựng Quy chế Chi tiêu nội bộ sử dụng 50% Quỹ Khen thưởng để chi thưởng đối ngoại cho các tập thể, cá nhân và đơn vị hữu quan, nhưng tiêu chí khen thưởng không cụ thể, không quy định mức chi cho các đối tượng.
Đối với việc quản lý và sử dụng nguồn thu từ hoạt động sự nghiệp, qua thanh tra, Thanh tra tỉnh Nghệ An phát hiện, Bệnh viện Mắt Nghệ An chưa nộp đầy đủ vào KBNN số tiền viện phí thu trực tiếp từ người bệnh để thực hiện việc kiểm soát chi, mà thực hiện chi tại đơn vị với tổng số tiền là hơn 6,4 tỷ đồng. Biên lai thu tiền viện phí, lệ phí không ghi đầy đủ các dịch vụ kỹ thuật đã thực hiện mà ghi chung gồm nhiều dịch vụ. Đặc biệt, qua thanh tra còn phát hiện việc sử dụng phiếu thu do Bệnh viện tự in để thu các khoản bán thuốc cho người bệnh (không sử dụng hóa đơn theo quy định). Việc làm này được xác định trái với quy định tại Điều 2, Thông tư số 39/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ. Đáng chú ý, một số khoản thu phải thực hiện nghĩa vụ ngân sách nhà nước, Bệnh viện cũng không kê khai đầy đủ. Cụ thể, tổng doanh thu các dịch vụ trong năm 2014 (trừ dịch vụ trông giữ ô tô, xe đạp, xe máy) là hơn 92,5 triệu đồng, nhưng các khoản thu này chưa được kê khai và nộp thuế.
Từ những sai phạm nêu trên, Thanh tra tỉnh Nghệ An yêu cầu Bệnh viện phải thực hiện kê khai và nộp đầy đủ các khoản thuế và nghĩa vụ ngân sách; xây dựng định mức khen thưởng và thực hiện trích lập Quỹ Phát triển sự nghiệp hoạt động theo đúng quy định.
