Theo Báo cáo tài chính hợp nhất đã kiểm toán năm 2023 của Hàng Hải Đông Đô, doanh nghiệp này ghi nhận 2 khoản nợ vay với Agribank bằng cả VND và USD. Tài sản bảo đảm của các khoản vay là tàu vận tải Đông Phú, Đông Phong, Đông An và Đông Thanh.
Ngoài khoản nợ vay phát sinh tại Agribank, Hàng hải Đông đô còn khoản vay hơn 19 tỷ đồng tại Ngân hàng Phát triển Việt Nam (VDB) và hơn 208 tỷ đồng tại Ngân hàng Indovinabank.
Công ty CP Hàng hải Đông Đô tiền thân là Xí nghiệp liên hiệp vận tải biển pha sông (VISERITRANS) trực thuộc Bộ Giao thông vận tải, được thành lập năm 1993. Sau khi cổ phần hóa, Công ty chính thức hoạt động theo mô hình cổ phần từ ngày 25/12/2006. Hiện thông qua Tổng công ty Hàng hải Việt Nam, Nhà nước vẫn đang nắm giữ 49% vốn điều lệ của Hàng hải Đông Đô. Hoạt động kinh doanh chính của Hàng hải Đông Đô là vận chuyển và làm đại lý, môi giới vận chuyển hàng hóa bằng đường biển, đường thủy nội địa và đường bộ; cung cấp dịch vụ đại lý tàu biển và môi giới hàng hải.
Sau nhiều năm kinh doanh không có lợi nhuận, lỗ lũy kế của Hàng hải Đông Đô tính đến cuối năm 2023 ở mức 969 tỷ đồng. Với kết quả này, vốn chủ sở hữu của Công ty âm 828,3 tỷ đồng.