Bên cạnh những thuận lợi từ hệ thống chính sách mới liên quan đến đất đai, quá trình thực hiện công tác xác định giá đất cụ thể vẫn còn một số khó khăn, vướng mắc trong triển khai thực tế.
Khó khăn đầu tiên là thu thập dữ liệu đầu vào do thông tin về giá chuyển nhượng thực tế còn thiếu, chưa phản ánh đầy đủ giá giao dịch thị trường; nhiều hợp đồng chuyển nhượng được kê khai với giá thấp hơn thực tế để giảm nghĩa vụ tài chính; dữ liệu giữa các cơ quan chưa được đồng bộ, gây khó khăn trong việc thu thập thông tin phục vụ xác định giá… Điều này khiến đơn vị tư vấn phải thực hiện nhiều bước xác minh, thu thập thông tin bổ sung từ các nguồn khác nhau, làm gia tăng thời gian thực hiện và ảnh hưởng đến tiến độ xác định giá đất cụ thể.
Khó khăn tiếp theo là xác định giá mặt bằng chung do có cách hiểu chưa đồng nhất về nội dung này. Bên cạnh đó, thường xuyên xảy ra tình trạng có nhiều ý kiến khác nhau giữa tổ chức tư vấn và Hội đồng thẩm định giá đất cụ thể. Cụ thể, sau khi tổ chức tư vấn xác định giá đất hoàn thành Dự thảo Chứng thư định giá đất, Báo cáo kết quả xác định giá đất và trình cơ quan có thẩm quyền, Hội đồng thẩm định giá đất cụ thể tiến hành họp thẩm định và đưa ra các ý kiến đối với hồ sơ, phương pháp, số liệu hoặc kết quả xác định giá đất. Tuy nhiên, quá trình thực hiện công tác định giá đất cụ thể còn có cách hiểu khác nhau, ý kiến trái chiều đối với việc thực hiện các ý kiến của Hội đồng thẩm định giá đất cụ thể. Trong nhiều trường hợp, các nội dung này lại liên quan đến trách nhiệm, chức năng, nhiệm vụ, đôi khi dẫn đến những hậu quả liên quan về trách nhiệm hình sự, sự sống còn của đơn vị tư vấn trong công tác định giá đất.
Thực tế đòi hỏi công tác hướng dẫn xác định giá đất cần được cơ quan chức năng quan tâm hơn nữa, để gỡ khó cho nhiều chủ thể, góp phần giải phóng nguồn lực đất đai cho tăng trưởng.