Đây sẽ là văn phòng làm việc cho Tổng công ty và các công ty thành viên để điều hành, phát triển sản xuất kinh doanh, đồng thời quảng bá thương hiệu, xây dựng một biểu tượng của doanh nghiệp quân đội làm kinh tế. Đây cũng sẽ là sở chỉ huy trung tâm của Quân cảng Sài Gòn để thực hiện các nhiệm vụ quân sự quốc phòng. Trong những trường hợp cần thiết, trụ sở sẽ thành Sở chỉ huy Quân chủng Hải quân và Bộ Quốc phòng.
Theo đề xuất dự án được duyệt, diện tích khu đất xây dựng trụ sở công trình là hơn 3.000 m2 thuộc một phần lô C Khu phức hợp Tân Cảng Sài Gòn. Tổng mức đầu tư khái toán hơn 646 tỷ đồng, trong đó chi phí xây dựng khoảng 419 tỷ đồng.
Về nguồn vốn, nhà đầu tư tự huy động để thực hiện Dự án. Tổng công ty Tân Cảng Sài Gòn dự kiến sẽ thanh toán bằng quỹ đất hơn 6.300 m2 thuộc lô đất C2, Khu phức hợp Tân Cảng Sài Gòn.