Theo Bộ Tài chính, hiện nay mặt hàng phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Vì vậy, các doanh nghiệp phân bón không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ, bao gồm cả hoạt động đầu tư, mua sắm tài sản cố định phục vụ cho hoạt động sản xuất phân bón mà phải tính vào chi phí sản phẩm, khiến giá thành tăng và lợi nhuận giảm, bất lợi trong cạnh tranh với phân bón nhập khẩu và không chủ động nguồn vốn để đầu tư, mở rộng sản xuất.
Các doanh nghiệp và Hiệp hội Phân bón cùng Bộ Công Thương đã kiến nghị chuyển phân bón sang đối tượng chịu thuế GTGT thuế suất 5%.
Cùng đó, Chính phủ đã rà soát hệ thống văn bản quy phạm pháp luật, trong đó đề xuất nội dung kiến nghị chuyển mặt hàng phân bón từ đối tượng không chịu thuế GTGT sang đối tượng chịu thuế GTGT thuế suất 5%.
Theo Bộ Tài chính, kinh nghiệm quốc tế cho thấy mặt hàng phân bón là mặt hàng phục vụ sản xuất nông nghiệp nên chính sách thuế GTGT (hoặc thuế hàng hóa dịch vụ, thuế bán hàng) của nhiều nước được thiết kế theo hướng ưu đãi hơn so với các mặt hàng thông thường khác. Chính phủ nhiều nước đã thông qua các chính sách và chương trình hỗ trợ trên các phương diện khác nhau nhằm tạo điều kiện thuận lợi và thúc đẩy phát triển ngành phân bón, trong đó chính sách hỗ trợ về thuế cũng là công cụ thường được các nước sử dụng...
Do đó, để vừa thúc đẩy ngành sản xuất phân bón trong nước cạnh tranh được với phân bón nhập khẩu vừa thực hiện mục tiêu thu hẹp đối tượng không chịu thuế GTGT, Bộ Tài chính trình Chính phủ quy định áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 5% đối với phân bón tại điểm b khoản 2 Điều 9 Dự thảo Luật.
