Khu thương mại tự do có quy mô khoảng 4.174,35 ha được phân làm 3 khu chức năng với 8 phân khu có vị trí liền kề. Cụ thể, Phân khu số 1 Khu bến cảng container hiện hữu (305,03 ha); Phân khu số 2 Bến cảng container Cái Mép Hạ (351,2 ha); Phân khu số 3 Bến cảng container Cái Mép Hạ hạ lưu (780,66 ha); Phân khu số 4 Ga Cái Mép Hạ thuộc tuyến đường sắt Biên Hòa - Vũng Tàu (30,63 ha); Phân khu số 5 Cảng bến thủy nội địa (311,89 ha); Phân khu số 6 Khu nam Khu công nghiệp Cái Mép (272,45 ha); Phân khu số 7 Trung tâm logistics Cái Mép Hạ (906,07 ha); Phân khu số 8 Công nghiệp, đô thị và dịch vụ (850,67 ha).
Khu thương mại tự do gắn với cảng biển khu vực Cái Mép Hạ được thực hiện với mục tiêu trở thành mô hình tiên phong, thí điểm và tích lũy kinh nghiệm với các thể chế vượt trội; môi trường đầu tư và thương mại tự do theo tiêu chuẩn quốc tế để thúc đẩy đổi mới thể chế; là đầu mối kết nối sản xuất, thương mại, dịch vụ của TP.HCM với khu vực và thế giới; là động lực tăng trưởng mới, tạo nền tảng phát triển Thành phố trở thành trung tâm kinh tế biển trong khu vực Đông Nam Á; tạo không gian phát triển nhanh, bền vững, hội nhập cho vùng Đông Nam Bộ và cả nước.
Khu thương mại tự do gắn với cảng biển khu vực Cái Mép Hạ sẽ lấy kinh tế số, kinh tế xanh, kinh tế tuần hoàn làm trọng tâm và động lực phát triển gắn với trung tâm logistics xanh, cụm cảng biển và cảng trung chuyển hàng hóa quốc tế đóng vai trò là đầu mối quan trọng trong chuỗi cung ứng toàn cầu thông qua gắn kết chặt chẽ giữa Cụm cảng nước sâu Cái Mép - Thị Vải, Cảng trung chuyển Quốc tế Cần Giờ và Cảng hàng không quốc tế Long Thành; là trung tâm sản xuất xanh, xuất khẩu các sản phẩm có giá trị gia tăng cao, tích hợp công nghệ tiên tiến và thân thiện với môi trường; là trung tâm đổi mới sáng tạo với cơ sở hạ tầng tích hợp, thông minh, hiện đại; là trung tâm thu hút nhân tài và trụ sở chính khu vực của các tập đoàn đa quốc gia về logistics, dịch vụ hàng hải, thương mại quốc tế…
Khu thương mại tự do TP.HCM được chia làm 3 giai đoạn phát triển.
Trong giai đoạn 2026 - 2030 tập trung các giải pháp nâng cao hiệu quả hoạt động của các phân khu hiện hữu; kiện toàn bộ máy quản lý, vận hành, triển khai ứng dụng khoa học công nghệ; phát triển hạ tầng giao thông kết nối và triển khai công tác giải phóng mặt bằng, đảm bảo tiến độ triển khai nhanh chóng các phân khu…
Giai đoạn 2031 - 2035 đẩy mạnh phát triển Khu thương mại tự do gắn với cảng biển khu vực Cái Mép Hạ dựa trên nền tảng hạ tầng đã được thiết lập, các cơ chế ưu đãi để thu hút đầu tư; đưa vào hoạt động toàn bộ các khu chức năng.
Giai đoạn sau năm 2035, đưa Khu thương mại tự do gắn với cảng biển khu vực Cái Mép Hạ là hạt nhân của Trung tâm kinh tế biển vùng Đông Nam Bộ, trở thành cảng trung chuyển lớn nhất cả nước, tầm cỡ khu vực châu Á và quốc tế.