Mục tiêu của Dự án là bảo vệ ngành nông nghiệp và đời sống của nhân dân khu vực Dự án không bị đe dọa bởi xâm nhập mặn gây ra do biến đổi khí hậu, nước biển dâng và sự khai thác quá mức thượng nguồn sông Mê Kông; kiểm soát mặn và cung cấp nước ngọt để phục vụ sinh hoạt, sản xuất nông nghiệp theo đó phục vụ việc phát triển kinh tế - xã hội cho tỉnh Bến Tre.
Việc thực hiện Dự án sẽ đảm bảo cho khoảng 207.000 hộ dân tỉnh Bến Tre được cung cấp nước ngọt phục vụ sản xuất và sinh hoạt; 110.442 ha đất nông nghiệp, trong tổng số 137.224 ha toàn tỉnh Bến Tre được lấy nước, tiêu nước, lấy phù sa, thau chua, rửa phèn phục vụ sản xuất nông nghiệp kết hợp nuôi trồng thủy sản theo hướng đa dạng hóa cây trồng, vật nuôi.
Bên cạnh đó sẽ có hơn 204.000 ha diện tích đất tự nhiên thuộc 8 huyện (Châu Thành, Bình Đại, Ba Tri, Giồng Trôm, Thạnh Phú, Mỏ Cày Bắc, Mỏ Cày Nam, Chợ Lách) và TP. Bến Tre của tỉnh Bến Tre được kiểm soát mặn, ngăn triều cường, ứng phó với nước biển dâng và tiêu thoát nước.