Khi làm Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường (TN&MT) thành phố Huế, ông Hoàng Khánh Huy đã cùng Nguyễn Văn Hòa, Chủ tịch UBND phường Thủy Xuân, và một số cán bộ, nhân viên tiến hành thẩm định, xác nhận “bừa” các hồ sơ, nguồn gốc đất đai dẫn đến việc cấp “sổ đỏ” trái quy định cho một người dân không sống tại Huế; gây thiệt hại ngân sách 4 tỷ đồng.