Theo quy hoạch điều chỉnh, định hướng phát triển không gian toàn đô thị hình thành 7 phân khu đặc trưng: Khu vực đô thị hiện hữu; Khu đô thị Nam Tuy Hòa; Khu đô thị Nam Sông Ba; Khu đô thị Bắc sông Ba; Khu đô thị dịch vụ du lịch văn hóa núi Chóp chài; Khu đô thị mới Bắc Tuy Hòa; Khu nông nghiệp công nghệ cao Hòa Kiến…