Theo dự thảo quy hoạch, các tuyến đường sắt quốc gia không xuyên tâm qua ga Hà Nội như hiện nay, mà đường sắt khu đầu mối Hà Nội được quy hoạch kết nối tại ga tổ hợp Ngọc Hồi, huyện Thanh Trì.