Đơn giản hóa, rút ngắn thủ tục hoàn thuế

Một số hiệp hội ngành hàng phản ánh, do chưa có hướng dẫn cụ thể về định nghĩa “sơ chế thông thường” nên nhiều doanh nghiệp lúng túng trong kê khai thuế dẫn đến chậm hoàn thuế. Ảnh minh họa: An An

Trong bối cảnh sửa đổi Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT), một số ý kiến cho rằng, cần tiếp tục đơn giản hóa thủ tục, rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ hoàn thuế hơn nữa, giải quyết một số bất cập về cách xác định đối tượng chịu thuế, thủ tục hoàn thuế.

Nhờ triển khai ứng dụng e-Tax, thời gian xử lý hồ sơ hoàn thuế được rút ngắn từ 40 ngày còn 6 ngày kể từ khi nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế với hồ sơ kiểm tra trước, từ 6 ngày còn 1 - 3 ngày với hồ sơ kiểm tra sau.

Theo bà Nguyễn Thị Cúc - Chủ tịch Hội Tư vấn thuế Việt Nam, ngành thuế là một trong những ngành đi đầu về cải cách thủ tục hành chính và đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong hệ thống khai, nộp, hoàn thuế điện tử, tích hợp dữ liệu liên thông giữa hải quan - thuế - ngân hàng, giúp giảm tiếp xúc trực tiếp, minh bạch quy trình.

Về việc triển khai Luật số 48/2024/QH15 về thuế GTGT, ông Trần Quốc Khánh - Thường trực Hội đồng Tư vấn chính sách của Thủ tướng Chính phủ đánh giá, Luật có nhiều điểm tích cực đáng ghi nhận. Đó là hoàn thiện và chuẩn hóa đồng bộ hệ thống thuế GTGT, khắc phục được tình trạng mua bán sản phẩm lòng vòng, làm đội giá thành sản phẩm tồn tại nhiều năm qua. Thay vì phải trải qua nhiều khâu trung gian, thì nay có thể mua sản phẩm trực tiếp từ nông dân và bán luôn cho doanh nghiệp (DN) xuất khẩu. Luật số 48 phù hợp với chủ trương khuyến khích DN xuất khẩu chính ngạch, kinh doanh có bài bản hơn, tránh được vòng luẩn quẩn “được mùa, mất giá”…

“Một chính sách thuế hợp lý sẽ thúc đẩy sản xuất, kinh doanh của DN, tính tuân thủ của người dân và ngược lại. Nên chính sách thuế cần hướng tới sự công bằng, minh bạch, nâng cao tính tuân thủ và trách nhiệm của người nộp thuế”, bà Cúc nói.

Tại Hội thảo Tháo gỡ vướng mắc về chính sách thuế GTGT với ngành nông, lâm, thủy sản do Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) phối hợp với 8 hiệp hội ngành hàng trong lĩnh vực nông nghiệp tổ chức ngày 9/10/2025, một số ý kiến DN, hiệp hội ngành hàng phản ánh, quá trình thực hiện Luật số 48/2024/QH15 vẫn còn vướng mắc, bất cập về cách xác định đối tượng chịu thuế, mức thuế suất và thủ tục hoàn thuế.

Theo Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam (VIFOREST), do chưa có hướng dẫn cụ thể về định nghĩa “gỗ sơ chế thông thường” (ví dụ: xẻ phôi, bóc vỏ, băm dăm), nên nhiều DN lúng túng trong kê khai thuế dẫn đến chậm hoàn thuế GTGT đầu vào.

Hiệp hội Cà phê - Ca cao Việt Nam (VICOFA) đề nghị làm rõ khái niệm “sơ chế thông thường”, phân định rõ ràng các khâu, công đoạn nào của ngành hàng phải áp thuế hoặc không áp thuế để tránh tình trạng các sản phẩm như cà phê nhân xanh - vốn chưa qua chế biến sâu, có giá trị xuất khẩu cao nhưng lại bị áp thuế GTGT 5%… Hiệp hội Cà phê - Ca cao Việt Nam từng kiến nghị vấn đề này từ năm 2013 và Chính phủ đã bỏ thuế GTGT cho cà phê nhân xanh (Nghị định số 209/2013/NĐ-CP), nhưng Luật số 48 tiếp tục đưa vào.

Chia sẻ những khó khăn, vướng mắc của DN, ông Trần Quốc Khánh cho rằng, hiện có 2 vấn đề lớn cần sớm sửa đổi. Một là, chính sách thuế GTGT dường như đang có sự ưu ái cho nông sản nhập khẩu hơn nông sản sản xuất trong nước. Đối với nông sản trong nước, khâu đầu tiên là DN mua trực tiếp sản phẩm sơ chế từ nông dân không phải đóng thuế GTGT, nhưng từ khâu thương mại là phải đóng thuế. Trong khi đó, khi nhập khẩu nông sản nước ngoài, ít khi DN mua được trực tiếp từ tay nông dân, mà chắc chắn phải qua khâu thương mại, nhưng theo Luật số 48, lại không phải chịu thuế. Nhà nhập khẩu nông sản không phải vay ngân hàng để nộp thuế GTGT, trong khi DN mua nông sản trong nước lại phải vay ngân hàng để nộp thuế.

Mặt khác, Luật số 48 bổ sung một điều kiện hoàn thuế mới chưa phù hợp với thực tế: cơ quan thuế chỉ hoàn thuế cho người mua khi người bán đã nộp thuế. Bởi trách nhiệm nộp thuế là của người bán, còn trách nhiệm thu thuế là của cơ quan quản lý nhà nước, hai đối tượng này nếu không hoàn thành trách nhiệm thì không thể yêu cầu người thứ ba chịu trách nhiệm hộ khi họ đã trả tiền và có hóa đơn, chứng từ đầy đủ.

Theo bà Nguyễn Thị Cúc, Nghị định số 209/2013/NĐ-CP đã loại bỏ các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến khỏi diện phải kê khai, tính thuế… Tuy nhiên, Luật số 48 bãi bỏ nội dung về điều khoản loại trừ này, do đó, các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến chịu áp thuế trở lại, gây khó khăn cho DN. Vướng mắc này cũng có một phần trách nhiệm của cộng đồng DN khi không đóng góp ý kiến kịp thời trong quá trình xây dựng Luật, chỉ đến khi thực hiện mới kêu khó, phải sửa Luật.

Ông Đậu Anh Tuấn - Phó Tổng thư ký kiêm Trưởng ban Pháp chế của VCCI nhấn mạnh, cần tiếp tục đơn giản hóa, rút ngắn thủ tục hoàn thuế, đồng thời ban hành hướng dẫn chi tiết, thống nhất để đảm bảo thực hiện đồng bộ tại các địa phương, tránh tình trạng “mỗi nơi một kiểu”.