Dự án dự kiến tổ chức lựa chọn nhà thầu trong tháng 7/2017. Hình thức lựa chọn nhà thầu chủ yếu là đấu thầu rộng rãi trong nước và lựa chọn nhà thầu trong trường hợp đặc biệt theo quy định của pháp luật về đấu thầu.
Trong 9 gói thầu của Dự án, có nhiều gói thầu có giá trị lớn như Gói thầu Thi công nạo vét duy tu luồng đoạn kênh Hà Nam có giá gói thầu hơn 35 tỷ đồng; Gói thầu Thi công nạo vét duy tu luồng đoạn Bạch Đằng có giá gói thầu hơn 40 tỷ đồng; Gói thầu Thi công nạo vét duy tu luồng đoạn Sông Cấm giá trị hơn 22 tỷ đồng…
