Dự án phân kỳ đầu tư thành 2 giai đoạn và 3 dự án thành phần. Giai đoạn 1 (2025 - 2030), gồm Dự án thành phần Đầu tư xây dựng 8 bến thủy nội địa từ cầu Thuận Phước đến cầu Tiên Sơn. Giai đoạn 2 (2028 - 2031), gồm dự án thành phần 2 và 3 với các hạng mục xây dựng 8 bến thủy nội địa dọc các sông Vĩnh Điện, Cổ Cò; đầu tư xây dựng 4 bến thủy nội địa dọc sông Cẩm Lệ...
