Nghị định cũng quy định cụ thể biểu khung mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác quặng khoáng sản kim loại (từ 10.000 đồng - 270.000 đồng/tấn); khoáng sản không kim loại (từ 1.000 - 90.000/m3 hoặc tấn). Mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản tận thu bằng 60% mức phí của loại khoáng sản tương ứng.
Nghị định quy định rõ, đối với số lượng đất đá bốc xúc thải ra trong quá trình khai thác than, không thu phí đến hết năm 2017.
