Theo Bộ GTVT, đến nay, Dự án đã được bố trí 4.536 tỷ đồng trong tổng mức đầu tư 7.663 tỷ đồng được phê duyệt. Nhưng để tiếp tục hoàn thành, Dự án cần phải bố trí thêm gần 5.268 tỷ đồng từ nay đến năm 2020 (được phân kì đầu tư giai đoạn 1 (2017 - 2020) khoảng 4.041 tỷ đồng; giai đoạn 2 (2021 - 2022) khoảng 1.204 tỷ đồng). Như vậy, tổng mức đầu tư Dự án hiện đã vọt lên khoảng 9.804 tỷ đồng.
Tuy nhiên, trong bối cảnh ngân sách nhà nước khó khăn, Bộ GTVT đã đề nghị Chính phủ cho phép tìm nguồn vốn xã hội hóa để đầu tư hoàn thành dự án trên.
